Pri teplote miestnosti sa pentaerytritol typicky javí ako biely kryštalický prášok; je vysoko stabilný a za normálnych podmienok ľahko nepodlieha významným chemickým zmenám. Malo by sa skladovať v suchom, chladnom a dobre vetranom sklade, mimo dlhodobého vystavenia vysokým teplotám a priamemu slnečnému žiareniu. Keďže pentaerytritol je trochu hygroskopický, skladovacie prostredie by nemalo byť príliš vlhké; kontakt so vzdušnou vlhkosťou by sa mal minimalizovať, aby sa zabránilo zhlukovaniu spôsobenému vlhkosťou, čo by mohlo ovplyvniť následné použitie.
Počas skladovania by sa mali používať obaly s dobrými tesniacimi vlastnosťami a musí sa zachovať celistvosť obalu. Pri balených výrobkoch by sa mali zvoliť obalové materiály odolné voči vlhkosti; ak je obal poškodený, mal by byť okamžite vymenený alebo zapečatený. Rôzne šarže by mali byť kategorizované a jasne označené a produkt by sa nemal skladovať spolu s nekompatibilnými chemikáliami. Sklad musí byť udržiavaný v čistote, aby sa zabránilo kontaminácii produktu prachom alebo nečistotami a ohrozeniu jeho čistoty.
Pentaerytritol sa vo všeobecnosti prepravuje vo vreciach, sudoch alebo iných obaloch vhodných pre tuhé prášky, pričom špecifická metóda je určená špecifikáciami produktu a prepravnou vzdialenosťou. Pri nakladaní a vykladaní je potrebné dávať pozor, aby nedošlo k poškodeniu obalu alebo nadmernému uvoľňovaniu prachu. Prepravné vozidlá alebo kontajnery musia byť suché, čisté a odolné voči dažďu; počas prepravy sa treba vyhnúť vystaveniu vode alebo dlhodobému slnečnému žiareniu s vysokou teplotou. Pri preprave na dlhé vzdialenosti je potrebné skontrolovať tesnenie obalu, aby sa zabránilo absorpcii vlhkosti alebo kontaminácii.
Počas skladovania a prepravy musí byť označovanie produktov, vedenie záznamov o šaržiach a riadenie zásob v súlade s predpismi pre manažment chemikálií. Hoci je pentaerytritol za normálnych podmienok stabilný, treba sa vyhnúť kontaktu s nekompatibilnými látkami, ako sú silné oxidačné činidlá. Prevádzka by mala dodržiavať kartu bezpečnostných údajov (KBÚ) konkrétneho produktu a pokyny dodávateľa na skladovanie a prepravu a zároveň by mali byť v súlade s miestnymi predpismi, aby sa zabezpečila kvalita a bezpečnosť produktu počas celého procesu.